Em Chrono Stone, Tenma repete o papel de protagonista. Ao retornar do torneio Holy Road apresentado em Go para a Raimon Junior High, o herói descobre que nenhum de seus amigos são jogadores de futebol mais, e que o clube do esporte no colégio nem ao menos existe. Confuso, Tenma é confrontado por Alpha – um membro do Team Protocol Omega, que afirma ter vindo do futuro com o plano de eliminar o futebol do mundo.